1.船长对造成某轮搁浅沉没及船员遇难负主要责任
　　（1）船长未按规定指挥船员进行封舱，存在严重过失。船舶封舱是船舶保持风雨密和浮力的前提，也是保证海上航行安全的条件和基础。某轮船长未遵守公司“开关舱操作规程”中关于“船舶出海前必须封舱，进靠码头装卸货时才能开舱，航行中舱须经船长同意”的规定，平时航行经常不封舱，此次从某港开航时又未指挥封舱。在收悉天气预报后，船长明知大风浪即将来临，存在侥幸心理，认为船舶能在事故前一日晚潮顺利进港，没有采取封舱措施。在第一次进港未成功后，明知船舶必将在海上遭遇大风浪，存在很大危险，仍未采取封舱等相应防范措施。
　　（2）船长对遇险局势判断失误。船舶搁浅、上浪、倾斜后，船长没有认真分析当时的环境和形势，对局势判断失误（担心船舶会迅速倾覆），使船员在不当的时机和恶劣的气象条件下弃船登筏。
　　2.船舶经营人对某轮搁浅沉没和船员遇难负有责任
　　船舶经营人，作为一个从事海上运输的企业，长期直接经营管理某轮，却一直未能发现某轮配备的救生筏是渔用简易筏，违反了中华人民共和国船舶检验局《海船法定检验技术规则》的规定，存在严重疏忽和过失。
　　在船舶安全管理方面，公司抓制度落实不够，对某轮长期存在航行中经常不按规定封舱等严重违反了公司安全制度的情况，检查督促不力。未及时予以指出并整改。另外，此次事故发生前，公司从天气预报中得知将有大风浪，但没有及时提醒船长采取封舱等有效防范措施。公司在船舶安全管理方面存在严重过失。
　　3.该县港务管理局在履行保持航道、航标设施处于良好技术状态等职责方面存在过失，对事故发生负有一定责任
　　该县港务管理局作为本县海运公司的直接上级主管部门，对公司安全管理制度落实情况的监督力度存在不足。此外，该县港务管理局在履行《某港港口管理暂行办法》和该县人民政府有关文件赋予的入海航道、航标维护管理等职能管理方面存在过失，未能保持航道、航标设施处于良好技术状态，对本起事故负有一定的责任。外语学习网
　　据此联合调查组建议，为加强管理，吸取教训，按“四不放过”原则，有关部门应按有关规定追究该港务管理局海运公司相关人员的责任。鉴于船长等当事人已在事故中死亡或失踪，故免于对其处罚。